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Theoretical Neuroscience: Computational and Mathematical Modeling of Neural Systems(理論神經科學:神經系統的計算與數學建模) cover

生物學

生物學

Theoretical Neuroscience: Computational and Mathematical Modeling of Neural Systems(理論神經科學:神經系統的計算與數學建模)

Peter Dayan; L. F. Abbott

英文原名: Theoretical Neuroscience: Computational and Mathematical Modeling of Neural Systems

一本講授神經系統數學與計算分析的研究所教科書。達揚與艾伯特以定量模型描述神經元編碼哪些資訊、單一神經元與網路如何產生活動,以及突觸可塑性如何支持學習,並結合統計學、動態系統與資訊理論的方法和實驗神經科學的資料。

需要的基礎: 修過神經科學課程,並具備微積分、線性代數、微分方程與基礎機率。

難度等級
高級
學術層次
研究所
computational neuroscienceneural codingnetwork modelssynaptic plasticitymathematical modelling

01 / 導讀

導讀

引用

Dayan, P., & Abbott, L. F. (2005). Theoretical Neuroscience: Computational and Mathematical Modeling of Neural Systems. The MIT Press.

章節概要

全書分三部分,共十章,後附數學附錄和參考文獻。作者本人的說明是:理論神經科學為描述神經系統做什麼、確定它們如何工作、揭示其執行的一般原理提供定量基礎,應用涉及視覺、感覺運動整合、發育、學習和記憶。下面的章名依據作者主頁上的目錄。

第一部分:神經編碼與解碼(第1–4章)

第一部分討論感覺刺激與神經反應之間的關係,重點是神經元的發放活動如何表示資訊。四章分別是「神經編碼I:發放率與脈衝統計」「神經編碼II:反向相關與視覺感受野」「神經解碼」和「資訊理論」。前兩章用統計方法描述神經反應並把它們與刺激聯絡起來,第三章問的是能從反應中讀出什麼,第四章則為這兩個問題提供資訊理論框架。

第二部分:神經元與神經迴路(第5–7章)

第二部分以細胞和突觸的生物物理學為基礎為神經元和迴路建模。第5章「模型神經元I:神經電子學」和第6章「模型神經元II:電導與形態」逐步建立單個神經元模型。第7章「網路模型」轉向迴路,也是作者公開提供的樣章。它包含發放率模型、前饋網路、遞迴網路、興奮-抑制網路和隨機網路幾節,涉及視覺引導伸手所需的座標變換、作為初級視皮層簡單細胞與複雜細胞模型的選擇性放大、作為短時記憶的積分、增益調變、聯想記憶、含振盪的嗅球模型以及玻爾茲曼機。本章最後有小結、附錄和帶註釋的參考書目。

第三部分:適應與學習(第8–10章)

第三部分用三章分析可塑性在發育和學習中的作用:「可塑性與學習」「經典條件反射與強化學習」和「表徵學習」。作者的目錄頁沒有對它們做進一步說明。

數學附錄與參考文獻

數學附錄彙集全書用到的方法;例如第7章在處理突觸輸入的濾波時就引用了它。完整的參考文獻列表也可在作者的網站上獲得。

核心概念

第一部分:編碼與解碼

  • 發放率與脈衝統計:把神經元的輸出描述為一個速率,並描述為一個隨機過程。
  • 反向相關與感受野:估計是哪種刺激特徵在驅動神經元。
  • 神經解碼:由反應估計刺激。
  • 資訊理論:量化反應傳達了關於刺激的多少資訊。

第二部分:神經元與網路

  • 神經電子學與電導:把神經元的膜建模為電路。
  • 形態:神經元的形狀對其反應的影響。
  • 發放率網路模型:用發放率和權重矩陣描述的前饋與遞迴網路。
  • 興奮-抑制動力學:偶合族群中的振盪與穩定性,用線性穩定性分析處理。
  • 隨機網路:機率性的網路模型,如玻爾茲曼機。

第三部分:可塑性與學習

  • 突觸可塑性:依賴活動的突觸強度變化,是學習的基礎。
  • 強化學習:從獎勵中學習,以經典條件反射為例。
  • 表徵學習:網路如何學到對其輸入統計特性的內部表徵。

評析

優點

  • 組織清晰。 三個部分遵循同一條主線:從神經元表示什麼,到神經元和迴路如何產生活動,再到迴路如何隨經驗而改變。
  • 解析與模擬並用。 樣章顯示作者把解析工具(權重矩陣、特徵向量、穩定性分析、李雅普諾夫函式)與模擬並行使用,每個模型都附有視皮層、嗅球等生物學例項。
  • 章節配套材料。 第7章末尾有小結、推導附錄和帶註釋的參考書目。作者網站還提供附帶程式碼和資料的習題、教學用圖,以及各次印刷的勘誤表。
  • 作者自己的資源。 免費的教學材料使本書既可自學,也便於設計課程。

侷限

  • 數學要求高。 樣章用到矩陣與特徵向量、微分方程、穩定性分析以及Cramér–Rao界這樣的統計概念,讀者在開始之前需要熟悉這些內容。
  • 範圍偏舊。 本書寫於2000年代初(作者的勘誤頁記錄截至2003年2月已有兩次印刷),因此沒有涵蓋此後該領域的發展。
  • 預期讀者已有生物學基礎。 全書圍繞數學組織。剛接觸神經科學的讀者需要另備一本神經科學教材來補充實驗背景。

在課程中的定位

本書是神經科學閱讀清單中偏定量和理論的一本。Henley的《Foundations of Neuroscience》是面向剛入門大學部學生的免費入門教材,Bear、Connors和Paradiso的《Neuroscience: Exploring the Brain》是講行為生物學基礎的入門教科書。Purves等人的《Neuroscience》是一本從單個神經元到認知的綜合性教科書,Martin等人的《From Neuron to Brain》是以實驗為基礎的老牌細胞與系統神經科學教材。Luo的《Principles of Neurobiology》則追溯每條原理背後的實驗。

Dayan和Abbott與這些書互補:它們把教科書中用文字描述的生物物理學和編碼思想,用模型表達出來。學完其中一本神經科學教材並具備數學基礎的學生,可以接著讀這本書。

如何使用本書

本書面向希望為大腦建模的神經科學、物理學、工程學、數學和電腦科學領域的研究生與大學高年級學生。需要微積分、線性代數、微分方程和機率論的基礎,會一點程式設計對做習題也有幫助。

實用的讀法:

  • 核心: 第1–3章和第5–7章是主幹:編碼、解碼、單神經元模型和網路。
  • 按興趣選讀: 第4章講資訊理論,第8–10章講學習與可塑性。
  • 做習題。 使用作者提供的習題以及配套的程式碼和資料。想在購買前判斷難度,可以先試讀第7章:該章在作者網站上免費提供。
  • 查閱勘誤。 對照自己手上那次印刷的勘誤。